Études générales
Après des études primaires en Anglais, à Montréal, il fréquente le High School of Montreal, aujourd'hui l'école Face de Montréal. Il étudie ensuite la musique à l'école Le Plateau.

Université
Après avoir complété son cours secondaire à 16 ans, il termine premier au Québec, avec une note de 99% en mathématiques. Guidé par son père architecte il s'inscrit à l'université McGill, en ingénierie et architecture.

Études musicales
Fasciné par la musique, il choisit bientôt de poursuivre ses études musicales au Conservatoire McGill, ainsi qu'au Conservatoire de musique du Québec.

Sciences musicales
Il étudie la théorie et les sciences musicales avec Gabriel Cusson qui l'introduit bientôt auprès de Conrad Letendre qui influencera sa quête et sa démarche pour mieux comprendre la structure musicale. C'est Conrad Letendre qui, inspiré par les travaux de Rameau, Gevaert et Riemann et grâce à une intuition peu commune, fournira les bases et les pistes sur lesquelles Michel Perrault pourra construire sa démache scientifique pour comprendre de façon systématique le phénomène naturel de la musique.

Études en composition musicale
À Paris, en 1946-47, il étudie la composition musicale avec Nadia Boulanger et Arthur Honegger.

Études en direction orchestrale
À Victoria (CB) il étudie la direction d'orchestre avec le grand maître Otto Werner-Mueller. De plus, musicien d'orchestre, il étudie attentivement chaque chef d'orchestre qu'il côtoie.